南京医科大学成立于1934年，时名江苏省立医政学院，是国内最早开展研究生教育的高等学府之一。1957年，学校更名为南京医学院。1962年，学校被列为全国首批六年制医药院校。1981年，学校被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，学校更名为南京医科大学。

学校设有五台校区（本部）和江宁校区。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是科研和研究生教育中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，于2003年9月正式启用。

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